Beim zweiten Screening werden die Organe des Ungeborenen untersucht. Damit können viele kindliche Besonderheiten erkannt bzw. in den meisten Fällen „ausgeschlossen“ werden. Anhand einer Checkliste werden systematisch eine ganze Reihe von Standard-Schnittbildern (in der Regel 40-60 Bilder auch bei unauffälligem Befund) aufgenommen. Die Lage der Plazenta (vor allem in Bezug zum Geburtskanal), die Fruchtwassermenge und die kindlichen Bewegungen werden ebenso beurteilt.
Bei der Organ-Untersuchung wird immer auch das fetale Herz untersucht (s.a. Fetale Herzuntersuchung).